Một số phụ kiện được sản xuất cho Nintendo 64, bao gồm Rumble Pak và Pak Transfer.

Tay cầm được định hình như chữ "M", sử dụng cần điều khiển ở trung tâm. Popular Electronics gọi là hình dạng của nó "giống tàu không gian ngoài hành tinh". Trong khi lưu ý rằng ba tay cầm có thể gây nhầm lẫn, tạp chí cho biết "phần nắm lấy riêng biệt cho phép vị trí để tay khác nhau cho các loại trò chơi khác nhau".[42]

64DD

Nintendo phát hành một nền tảng ngoại vi được gọi là 64DD, trong đó "DD" là viết tắt của "Disk Drive". Kết nối với khe cắm mở rộng ở dưới cùng của máy, 64DD biến Nintendo 64 thành một thiết bị Internet, một máy trạm đa phương tiện và một nền tảng chơi game mở rộng. Thiết bị ngoại vi lớn này cho phép chơi các trò chơi dựa trên đĩa 64 của Nintendo, chụp ảnh từ nguồn video bên ngoài và cho phép người chơi kết nối với dịch vụ trực tuyến hiện tại của Nhật Bản. Không lâu sau khi phát hành đơn đặt hàng qua thư giới hạn, thiết bị ngoại vi bị ngưng sản xuất. Chỉ có chín trò chơi được phát hành, bao gồm bốn Mario Artist ( Paint Studio , Talent Studio , Communication Kit , và Polygon Studio ). Nhiều trò chơi được lên kế hoạch khác cuối cùng đã được phát hành ở định dạng băng hoặc trên các hệ máy khác. 64DD và dịch vụ trực tuyến Randnet đi kèm chỉ được phát hành ở Nhật Bản, mặc dù luôn luôn được công bố cho Mỹ và châu Âu.

Để minh họa ý nghĩa cơ bản của 64DD cho sự nhà phát triển trò chơi tại Nintendo, nhà thiết kế Shigesato Itoi nói: "Tôi nghĩ ra rất nhiều ý tưởng vì 64DD. Mọi thứ bắt đầu với 64DD. Có rất nhiều ý tưởng đạ không thể thành hiện thực nếu chúng ta không có 64DD ". Shigeru Miyamoto kết luận: "Hầu như mọi dự án mới cho N64 đều dựa trên 64DD.... chúng tôi sẽ tạo trò chơi trên băng đầu tiên, sau đó thêm công nghệ mà chúng tôi đã lên kế hoạch để hoàn thành để trở thánh một trò chơi 64DD đầy đủ ".[63]